学术上日语分为九州日语、关西日语、关东日语和八丈语四种方言。还可以细分为十三种方言：属于九州日语的萨隅方言、肥筑方言、丰日方言，属于关西日语的中国方言、云伯方言、四国方言、近畿方言、北陆方言，属于关东日语的东海东山方言、关东方言、内陆北海道方言、东北方言和沿岸北海道方言。

日语的系属一直都是学术界争论的焦点、基本上可以有三类的观点

第一类观点认为日语属于阿尔泰语系、因为日本语有着非常显著的阿尔泰语系的语言特征。   流音不会出现在本土词汇（固有词）的首个音节上 元音和谐律（或称元音调和） 黏着语的特征 日语的这三个语言特征为该观点提供了相当有力的支持。但是日语跟阿尔泰语系的其他语言之间的同源词汇却非常少、反对该观点的学者一般都以此作为反驳的力证。

第二类观点认为日语跟朝鲜语共属于一个新的语系。持该观点的学者认为、日语的文法与朝鲜语的文法有惊人的相似度、都是使用SOV序列、两者历史上又共同受过古汉语的影响、因此有学者认为日语跟朝鲜语是阿尔泰语系和汉藏语系混合的新语系。但是日语跟朝鲜语之间缺乏同源词也成了异议的学者们反驳该观点的力证。

第三类观点认为日语跟琉球语共属于一个新的语系，即日本语系。由于日语跟琉球语之间确有不少相似性，故此观点得到了一些学者的支持，但仍然并没有被广泛认同。

第四类观点认为日语跟朝鲜语一样，都是孤立语言，而它们跟目前世界上已知的语系都没有关联。持该观点的学者们以“同源词问题”支持该观点。

按语言结构特点分类，日本语属于黏着语。SOV语序。在语言表达上分为简体和敬体，另外有发达的敬语体系。作为一种基本的结构，典型的日本句子的句式是主语－宾语－谓语。例如：太郎（たろう）が林檎を一つ食（た）べた（Tarō ga ringo o hitotsu tabeta）。照字面直接的意思是"太郎吃了一个苹果"。

当说话人认为从语境中听者能理解，也就是谈话者或作者自信谈话对象对所谈及的情况有一定了解时，经常会省略主语或宾语。在这种情况下，上面所讲的那个句子可能会变成，“林檎を食べた”（ringo o tabeta）（"吃了苹果"）或仅为：“ 食べた ”（tabeta）（"吃了"）。